Болничка аптека како главен оддел во склоп на ЈЗУ Клиничка болница врши набавка, складирање, чување и дистрибуција до другите оддели на лекови и медицински потрошен материјал. Болничка аптека учествува во креирање на асортиманот на лекови во тендерските процедури како и предлози за нови специфични лекарства, ја менаџира потрошувачката на сите оддели и ги креира електронски сите требовања и книговодствено ги заведува сите фактури при прием имајќи прегледност во секој момент што е доспеано според договорите за набавка, како и разни донации и гратиси дадени од
фармацевтски фирми или веледрогерии. Болничка аптека располага со широка лепеза на лекарства дел се на позитивна листа дел не се на позитивна листа, расплага со залихи од медицински потрошен материјал, завоен материјал, дезинфекциони средства. Лабораториски потрошен материјал. Болничка аптека ги спроведува сите набавки за потребните нови методи и здравствени услуги во болницата, како остеосинтетски материјал, стентови за ургентна кардиологија, ренген филмови и реагенси и други специфични материјали доколку се оформува нова специјалистичка и субспецијалистичка
здравствена услуга со нови методи и нова апаратура во болницата. Болничка аптека ги собира сите пријавени податоци од одделите доколку има во врска со несакани реакции на
лековите кај болничките пациенти и го извествува МАЛМЕД, исто така ги информира сите оддели доколку има повратна информација од Министерство за здравство или од МАЛМЕД околу повлекување на некој лек или било која информација поврзана со лекови за да се информираат сите лекари и медицински лица вработени во болницата.